Вместе с возникновением нового естествознания началась и его борьба с религией. Эта борьба была суровой, непримиримой, изобиловала трагедиями и дала примеры великого мужества и стойкости ученых в отстаивании своих взглядов и убеждений. Феодальная церковь, применяя методы прямого и грубого насилия, пыталась поставить непреодолимые преграды развитию естествознания. Ученых сжигали на кострах, гноили в тюрьмах, заставляли отрекаться от своих взглядов.
Католическая церковь создала для борьбы с «еретиками» специальный суд — инквизицию, совершившую «именем бога» массу кровавых злодеяний. Жертвами инквизиции были великий мыслитель Д. Бруно, его младший современник Ванини. Инквизиция подвергла жестоким гонениям великого Галилея, Везалия и многих других ученых.
В России православная христианская церковь также выступала против научного прогресса, насаждала мракобесие, преследовала ученых и философов, проповедовавших материалистические взгляды. Церковь отрицала выводы науки как несоответствующие религиозным догмам, запрещала научные книги, распространение научных идей и т. д.




